21. sajandi Euroopa seisab silmitsi paljude globaalsest soojenemisest, reostusest ja muudest keskkonnateguritest tingitud ohtudega. Rail Baltica vähendab inimeste mobiilsusest tulenevat ökoloogilist jalajälge Balti riikides. Raudtee on ainus suur transpordiliik, mis ei põhine pea täielikult fossiilkütusel, ja selle osakaal Euroopa transpordi energiakasutusest on vähem kui 2% vaatamata rohkem kui 8,5% suurusele turuosale. Suunates nii reisijate- kui ka kaubaveod teedelt raudteele, aitab Rail Baltica mastaabisäästu kaudu oluliselt vähendada ka kliimamuutustest tulenevaid majanduslikke mõjusid, teehoolduskulusid ja mürasaastet.
