Projektą Rail Baltica vykdo Baltijos šalys, Rail Baltica globalaus projekto naudos gavėjai yra šių šalių ministerijos, atsakingos už transporto sektorių.
Lietuvoje
Lietuvos Respublikos
susisiekimo ministerija
Latvijoje
Latvijos Respublikos
transporto ministerija
Estijoje
Estijos Respublikos
ekonomikos ir susisiekimo
ministerija