Trases nospraušana ir viens no būtiskākajiem uzdevumiem nākotnes dzelzceļa infrastruktūras izveidē. Tas ir sarežģīts process, kas ietver teritoriālo plānošanu, publiskās apspriedes un konsultācijas ar vietējām pašvaldībām visās trīs valstīs. Šī procesa galvenais mērķis ir noteikt trasi, balstoties uz projekta globālo definīciju saskaņā ar tehniskajiem parametriem un apsverot vismazāko ietekmi uz sabiedrību un apkārtējo vidi. Neapšaubāmi tajā pašā laikā plānošanas process ir lieliska iespēja, lai analizētu un noteiktu sekundāro ekonomisko potenciālu reģionos, kuri ir saistīti ar Rail Baltica dzelzceļu.
Trases apstiprināšanas procesam katrā valstī ir savs temps un gaita. Igaunijā, kur publisko apspriežu process dažās pašvaldībās ir jau noslēdzies, galīgais lēmums par trases apstiprināšanu gaidāms šī gada otrajā ceturksnī.
Rail Baltica maršruts Latvijā ir pilnībā noteikts no Igaunijas/Latvijas valstu robežas pie Ainažiem līdz Latvijas/Lietuvas valstu robežai pie Bauskas. Latvijas valdība to apstiprināja 2016. gada augustā.
Lietuvā trase beidzot ir noteikta no Kauņas virzienā uz Latvijas/Lietuvas valstu robežu caur Paņevežu. Valdība šo trases daļu apstiprināja 2017. gada 11. janvārī.
Kas attiecas uz jau uzcelto posmu no Kauņas dienvidiem līdz Lietuvas un Polijas robežai, “RB Rail AS” ir pasūtījusi uzlabošanas priekšizpēti, lai tiktu analizēta uzlabošanas iespējamība un noteiktas nepieciešamās prasības, lai uzlabotu jau eksistējošo 1435 mm sliežu platuma līniju no Polijas/Lietuvas valstu robežas līdz Kauņai un Palemonas RRT ar mērķi panākt pilnīgu atbilstību Rail Baltica globālā projekta definīcijai, kas noteikta “RB Rail AS” akcionāru līgumā, un citiem nozīmīgiem tehniskajiem parametriem (Globālā Projekta Standartiem), analizējot dažādus scenārijus un tehniskos risinājumus un sniedzot optimālos risinājumus Eiropas Dzelzceļa satiksmes vadības sistēmas (ERTMS) ieviešanai nākotnē. Šī iemesla dēļ trase šajā daļā ir noteikta uzlabošanas priekšizpētes rezultātiem, kas tiks pabeigti 2017. gada rudenī.
Posma Kauņa – Viļņa saskaņošana ir plānota līdz 2020. gadam, taču tā ieviešana ir jāveic tādējādi, lai netiktu kavēts vai apturēts viss kopējais Rail Baltica projekts.