2016. gada 18. novembrī Eiropas Inovācijas un tīklu izpildaģentūra (INEA – Innovation and Networks Executive Agency), triju Baltijas valstu kopuzņēmums RB Rail AS, Igaunijas Republikas Ekonomikas un komunikāciju lietu ministrija, Latvijas Republikas Satiksmes ministrija un Lietuvas Republikas Transporta un komunikācijas ministrija parakstīja līdzfinansējuma līgumu par kopējo summu 225 milj. eiro, kas paredzēti Rail Baltic/Rail Baltica ātrgaitas dzelzceļa būvniecībai. Eiropas infrastruktūras savienošanas instrumenta (Connecting Europe Facility jeb CEF) ieguldījums projektā sasniegs aptuveni 191 milj. eiro, kas ir 85% no visiem attiecināmajiem izdevumiem. Parakstītais līgums papildina Eiropas Savienības līdzfinansējuma līgumu (No INEA/CEF/TRAN/M2014/1045990), kas tika parakstīts 2015. gada 23. novembrī.
Igaunijā finansējums, kura kopējā vērtība ir apmēram 13 milj. eiro (CEF ieguldījums ap 11 milj. eiro), tiks izmantots pētījumiem par būvniecības loģistikas realizācijas modeli, Rail Baltic/Rail Baltica vispārējās elektroenerģijas piegādes sistēmu uzlabojumiem, kā arī īpaši attiecībā uz Pērnavas kravu termināli. Lielākā daļa no piešķirtā finansējuma tiks izlietota tramvaja līnijas savienojuma celtniecībai starp Rail Baltic/Rail Baltica Ülemiste termināli un Tallinas lidostu, pie kura celtniecības darbi tika sākti jau 2016. gadā. Tāpat par šiem līdzekļiem tiks veikta vieglā dzelzceļa vai tramvaja līnijas priekšizpēte, telpiskā un tehniskā analīze un tehniskais projekts, lai savienotu Rail Baltic/Rail Baltica Ülemiste termināli ar vecpilsētas ostu un galveno Tallinas Pasažieru ostu. Tiks veikta arī izpēte, lai noteiktu vislabāko papildu kravu termināļa novietojumu Muuga ostas apkārtnē.
Latvija piešķirto finansējumu aptuveni 0,6 mij. eiro vērtībā (CEF ieguldījums ap 409 tūkst. eiro) izmantos Rail Baltic/Rail Baltica dzelzceļa infrastruktūras un aeronavigācijas infrastruktūras un pakalpojumu atbilstības novērtējumam saistībā ar “Starptautisko lidostu “Rīga””. Tāpat par atvēlēto naudu plānotajā maršrutā tiks veikti arheoloģiskie pētījumi.
Lietuvas finansējums, kurš sasniedz aptuveni 211,5 milj. eiro (CEF ieguldījums ap 180 milj. eiro), tiks izmantots būvdarbu uzsākšanai vismaz 55 km garumā posmā Kauņa–Paņeveža–Lietuvas/Latvijas valsts robeža. Tāpat ir plānots veikt izpēti par iespējām uzlabot jau uzcelto Eiropas standarta 1435mm dzelzceļa līniju (posms no Polijas/Lietuvas valsts robežas līdz Kauņai), lai tā atbilstu noteiktajiem globālā projekta standartiem. Papildus šī nauda segs izdevumus par jau minētā posma iztaisnošanas un ātruma palielināšanas plānu un nepieciešamās Eiropas dzelzceļa satiksmes vadības sistēmas (ERTMS) ieviešanau.
Saskaņā ar abiem līdzfianansējuma līgumiem, kas paredz ES līdzfinansējumu Rail Baltic/Rail Baltica celtniecībai, CEF ieguldījums projekta aktivitātēs kopumā sasniedz aptuveni 633 milj. eiro, no kuriem Igaunija var saņemt aptuveni 186 milj. eiro, Latvija 238 milj. eiro, bet Lietuva 203 milj. eiro.
RB Rail AS ir centrālais Rail Baltic/Rail Baltica projekta koordinators, kurš veido pieteikumus CEF finansējumam Rail Baltic/Rail Baltica globālā projekta ietvaros. Šo darbību RB Rail AS veic ar mandātu, ko tam piešķīrušas trīs dalībvalstu finansējuma saņēmējas – Igaunijas Republikas Ekonomikas un komunikāciju lietu ministrija, Latvijas Republikas Satiksmes ministrija un Lietuvas Republikas Transporta un komunikācijas ministrija. INEA kopuzņēmumu redz kā galveno atbildīgo projekta informācijas un ziņojumu sagatavošanā, kā arī termiņu ievērošanā visām ar CEF saistītajām aktivitātēm. Ministrijas tām paredzēto finansējumu savukārt saņem no RB Rail AS un nodrošina, ka nacionālo valstu ieviesējorganizācijas saņem tām noteikto finansējumu aktivitāšu izpildei.